Pracovné skupiny boli vytvorené na projektové obdobie. Ich náplňou bola analyticko-metodická činnosť, tvorba matrice Národného kvalifikačného rámca, zaraďovanie identifikovaných kvalifikácií na jednotlivé referenčné úrovne Národného kvalifikačného rámca, návrh funkcionality a vytvorenia Informačného systému či vypracovanie expertíz na úpravu NSK a NKR v závislosti od vlastných zistení. V projekte fungovalo päť pracovných skupín:

1. ​Pracovná skupina pre analýzy: analyzovali kvalifikačné rámce a sústavy kvalifikácií vo vybraných krajinách Európskej únie. Na základe analytických správ vznikol návrh matrice pre tvorbu Národnej sústavy kvalifikácií a Národného kvalifikačného rámca. Členovia pracovnej skupiny pre analýzy spolupracovali s európskymi autoritami a o zámeroch a výsledkoch projektu informovali ďalšie členské krajiny EÚ na európskych informačno-vzdelávacích podujatiach.

2. Pracovná skupina pre tvorbu metodológie: jej úlohou bolo vytvorenie metodík, ktoré sú základom pre tvorbu Národného kvalifikačného rámca, Národnej sústavy kvalifikácií, úplných a čiastočných kvalifikácií, stanovenia kvalifikačných a hodnotiacich štandardov. Ďalšou úlohou skupiny bolo vypracovanie vzdelávacieho programu pre ďalšie vzdelávanie.

3. Pracovná skupina pre tvorbu Národného kvalifikačného rámca: jej hlavnou aktivitou bolo na základe odporúčaní pracovnej skupiny pre analýzy, vytvoriť matricu Národného kvalifikačného rámca a popis jeho jednotlivých úrovní. Jej členovia sa oboznámili s rôznymi prístupmi k tvorbe NKR vo vybraných krajinách Európskej únie a vďaka získaným znalostiam o zaraďovaní kvalifikácií na referenčné úrovne vytvorili tzv. deskriptory (popisy). Výstupom tejto skupiny je Národný kvalifikačný rámec. 

4. Pracovná skupina pre analýzu ŠKVP a ŠP VŠ: jej úlohou bolo analyzovať vzdelávacie a študijné programy. Svoje analýzy potom priebežne odstupovali Sektorovým radám NSK a Odvetvovým skupinám expertov ako podkladový materiál pri tvorbe kvalifikačných štandardov. Skupina taktiež posudzovala vypracované Karty kvalifikácií ešte predtým, ako sa predložili na schválenie Národnej rade pre vzdelávanie a kvalifikácie.

5. Pracovná skupina pre analýzu UV: jej úlohou bolo analyzovať vzdelávacie a študijné programy. Svoje analýzy potom priebežne odstupovali Sektorovým radám NSK a Odvetvovým skupinám expertov ako podkladový materiál pri tvorbe hodnotiacich štandardov. Skupina taktiež posudzovala vypracované Karty kvalifikácií predtým, ako sa predložili na schválenie Národnej rade pre vzdelávanie a kvalifikácie.