Pracovné skupiny boli vytvorené na projektové obdobie. Ich náplňou je analyticko-metodická činnosť, tvorba matrice Národného kvalifikačného rámca, zaraďovanie identifikovaných kvalifikácií na jednotlivé referenčné úrovne Národného kvalifikačného rámca, návrh funkcionality a vytvorenia Informačného systému či vypracovanie expertíz na úpravu NSK a NKR v závislosti od vlastných zistení. V projekte funguje päť pracovných skupín:
  1. ​Pracovná skupina pre analýzy: analyzuje kvalifikačné rámce a sústavy kvalifikácií vo vybraných krajinách Európskej únie. Na základe analytických správ vznikol návrh matrice pre tvorbu Národnej sústavy kvalifikácií a Národného kvalifikačného rámca. Členovia pracovnej skupiny pre analýzy spolupracujú s európskymi autoritami a o zámeroch a výsledkoch projektu informujú ďalšie členské krajiny EÚ na európskych informačno-vzdelávacích podujatiach.
  2. Pracovná skupina pre tvorbu metodológie: jej úlohou je vytvoriť metodiky, ktoré sú základom pre tvorbu Národného kvalifikačného rámca, Národnej sústavy kvalifikácií, úplných a čiastočných kvalifikácií, stanovenia kvalifikačných a hodnotiacich štandardov. Ďalšou úlohou skupiny je vypracovanie vzdelávacieho programu pre ďalšie vzdelávanie.
  3. Pracovná skupina pre tvorbu Národného kvalifikačného rámca: jej hlavnou aktivitou je na základe odporúčaní pracovnej skupiny pre analýzy, vytvoriť matricu Národného kvalifikačného rámca a popis jeho jednotlivých úrovní. Jej členovia sa oboznamujú s rôznymi prístupmi k tvorbe NKR vo vybraných krajinách Európskej únie a vďaka získaným znalostiam o zaraďovaní kvalifikácií na referenčné úrovne vytvoria tzv. deskriptory (popisy). Výstupom tejto skupiny je Národný kvalifikačný rámec. 
  4. Pracovná skupina pre analýzu ŠKVP a ŠP VŠ: jej úlohou je analyzovať vzdelávacie a študijné programy. Svoje analýzy potom priebežne odstupuje Sektorovým radám NSK a Odvetvovým skupinám expertov ako podkladový materiál pri tvorbe kvalifikačných štandardov. Skupina taktiež posudzuje vypracované Karty kvalifikácií ešte predtým, ako sa predložia na schválenie Národnej rade pre vzdelávanie a kvalifikácie.
  5. Pracovná skupina pre analýzu UV: jej úlohou je analyzovať vzdelávacie a študijné programy. Svoje analýzy potom priebežne odstupuje Sektorovým radám NSK a Odvetvovým skupinám expertov ako podkladový materiál pri tvorbe hodnotiacich štandardov. Skupina taktiež posudzuje vypracované Karty kvalifikácií predtým, ako sa predložia na schválenie Národnej rade pre vzdelávanie a kvalifikácie.